土壤盐碱化对策
发酵微生物的耐水性团粒形成对于盐分集积严重的土壤和使用水中所含盐分引起盐类障碍的土壤非常地有效果。
有效微生物生成的低分子氨基酸、有机酸在土壤粘土粒子的离子化下分解无机物，分子间保持一定的距离，拥有使无机的化学反应无法进行的能力。也可以称作螯合作用，作物在这种状态下吸收所需的无机营养就变得容易了。其次，因为无机化学反应被抑制，盐分就不容易集积了，变成具有极高缓冲能力和不易发生盐类障碍的土壤。
耐水性团粒形成后，土壤会具有十分优秀的保水性和透水性，土壤的环境也会相对稳定。土壌改良的方法是以强化土壤水净化力的无机物质为基础，强化微生物净菌、发酵合成力的一种方法。强化微生物层
新疆盐碱地改良实例
未改良区 改良区
连作障碍对策
过多使用氮肥，作物生长快速，但作物的细胞膜变薄。加固细胞膜的硅酸含量降低，作物容易被病菌入侵。
同样，过多施用钾肥，会招致钾、镁、硼等微量元素的吸收阻碍，作物的代谢平衡崩溃，容易发病。
*有机酸（用氨基酸的螯合效果可以改善）
连作障碍引起急性萎焉病、根瘤病和白粉病・灰斑病・锈病・黑点病等病的土壤，被其中的病害微生物所占有，可以净化作物的生长环境、分解土壤障碍・病虫害的有益微生物数量变得极少。
总之，微生物群的平衡不好。
通过投入人工培养的微生物，改良为适合微生物居住的土壤是改善平衡的捷径。
通过在大棚进行适当地土壤改良和使用生物剂，研究中的大棚中成功实现了西红柿栽培的9连作。
产量可以确保在平均水平以上
消除水田中镉对策
在水田中的具体处理方法
为了增加水田肥力，提高土壤抗氧化状态，必须在收割期以外的其他时期均保持水田水润，收割后作物残渣全部回归水田，同时尽量将新鲜有机物投放水田，让有效微生物在整个土壤中全面增殖，要形成这样的系统。
有效微生物用量为每10公顷土壤，一年1吨。虽然有效微生物只需经出水口注入足矣，但还是应利用有效微生物的性质，包括不翻耕、不除草、不使用化肥等在内，普及同时采取节能、环保、净化河川湖海、提高产量和品质等对策的体系及栽培方法。此类事例已在日本全国开始推广，群马、熊本、宫城、北海道也出现了能够公开的事例（均为公顷单位以上）。
有效微生物是一项微生物管理技术，只要提高土壤中的有效微生物密度即可，无需配合种植时间来使用，任何时候都能施用，但在水田中，有效微生物的以下使用方法已开始程序化。
1）进行秋季处理。收割后，铺开秸秆，每10公顷喷洒100～200升有效微生物液，轻轻翻耕后，堵住排水沟，保持蓄水状态。一大半杂草种子将因有效微生物发酵作用而枯死。
2）插秧前1～2个月，喷洒100～200升有效微生物，仅实施耙地作业即可（因为已用有效微生物进行过秋季处理，所以土壤松软，无需犁地）。插秧之前实施数次耙地作业，便可形成厚厚的粘稠层。因此，杂草种子将沉往粘稠层下部，吸收不到氧气，难以发芽。
3）插秧后，随即经出水口注入有效微生物液，用量为每10公顷1次100升。种植期间若能注入400～600升，则对抗稻瘟病等病虫害的能力将大增，从而产量高、品质好。
4）收割后将作物残渣以及家畜排泄物、其他有机物投放农田，并实施有效微生物处理，可增产30～50%。
5）从春季开始处理时，插秧前1～2个月内，每10公顷喷洒100～200升有效微生物液，并实施数次耙地作业，将增厚粘稠层。每次实施耙地作业时，施用100～200升有效微生物液，效果更佳。
6）因为水要插秧之前才会引水，所以如果提前耙地有困难，可以先提前投放有机物，喷洒100～200升有效微生物液，进行表层翻耕。然后，在可以引水时经出水口注入100～200升有效微生物液，并认真实施数次耙地作业，则可增厚粘稠层，并完全控制杂草。重点在于耙地次数。
※有机物参考投放量为每10公顷500公斤以上、1顿以内。若依然担心长杂草，可使用除草剂。
7）普及推广时，重要的是在传统种植方法中，每10公顷农田，1年施用500～1000升（分为5～10次，12个月）有效微生物液。
2００９年 没処理时镉分析値 ２０１０年 処理后（300～500L/10a)